Flatpak — это система для создания, распространения и запуска приложений в Linux. Ее особенности:

Flatpak — это система для создания, распространения и запуска приложений в Linux. Ее особенности:
   • единый формат пакетов, совместимый с различными операционными системами на ядре Linux;
   • централизованное хранилище приложений — Flathub;
   • графические приложения запускаются в изолированной среде и не требуют установки в систему библиотек.
Приложение помещается в минимальный контейнер Bubblewrap вместе со всеми необходимыми библиотеками. Инструмент безопасности ядра SecComp изолирует приложение, блокируя доступ к потенциально опасным операциям на уровне ядра Linux. Для доступа к host-системе  используются Dbus порталы.
Ключевой элемент Flatpak — манифест. Это скрипт, в котором прописана основная информация о приложении, библиотеках и их взаимодействии. При формировании пакета Flatpak манифест используется как инструкция по сборке.

Создание манифеста во Flatpak
Перед тем, как формировать пакет, нужно установить на компьютер или виртуальную машину среду сборки Flatpak, загрузить бинарный файл приложения и установить все нужные инструменты сборки, включая Meson, CMake и Ninja. .
Далее создаем манифест в текстовом редакторе, поддерживающем форматы YAML или JSON, например, Sublime Text или Notepad++.
Перед тем, как формировать пакет, нужно установить на компьютер или виртуальную машину среду сборки Flatpak, загрузить бинарный файл приложения и установить все нужные инструменты сборки.
В манифесте нужно указать: 
   • наименование приложения;
   • описание набора компонентов, которые используются приложением;
   • версию SDK — среды выполнения (runtime), которая используется для создания приложений;
   • команду, запускающую приложение после установки.
Опция build-options в манифесте задает параметры, которые определяют среду сборки модуля приложения.
Команда cleanup удаляет файлы, созданные в процессе сборки, которые будут не нужны в конечном составе пакета. 
После того, как манифест создан, можно переходить к этапу сборки.

Сборка
Процесс сборки запускается через терминал командой flatpak-builder, которая читает манифест, скачивает зависимости, собирает модули и упаковывает приложение в изолированную среду.
На его основе создается собственный репозиторий, работающий в директории OS3, который поддерживает работу с Flatpak.
Установленное во Flatpak приложение необходимо подписать GPG-подписью. Она позволяет подтвердить подлинность и целостность данных. Разместить приложение можно в общем, например, FlatHub, или в личном репозитории.

Сборка проприетарного приложения
С помощью Flatpak можно изолировать программы с закрытым исходным кодом от системы, ведь для создания пакета код не нужен. Это позволяет устанавливать и удалять их в любых Linux-системах. В результате формируется изолированное работоспособное приложение, которое не нарушает официальную лицензию на распространение.